Projets de la Chaire de recherche de biosécurité en production laitière
Les activités de la Chaire de recherche de biosécurité en production laitière s’articulent sous trois thèmes de recherche
Validation des stratégies de diagnostic rapides, robustes et efficaces pour soutenir la mise en œuvre de programmes de biosécurité rigoureux.
THÈME 2
Développement de programmes et d'outils de surveillance et contrôle des maladies efficaces et économiquement viables.
THÈME 3
Identification des pratiques clés de biosécurité pour prévenir l'introduction ou la propagation des maladies entre les troupeaux (biosécurité externe ou bio-exclusion) et pour contrôler la prévalence intra-troupeau.
THÈME 1
Le BVD est une maladie infectieuse endémique, souvent sous-diagnostiquée et qui menace la rentabilité et la durabilité des fermes laitières. Cette maladie a un impact important sur le bien-être des animaux et sur l’utilisation d’antimicrobiens et l’innocuité des aliments.
Par conséquent, il est crucial de mettre en œuvre des plans de biosécurité fondés sur des preuves scientifiques solides.
Le virus de la diarrhée virale bovine - BVD
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Décrire la prévalence d'infection au BVD et identifier les pratiques associées à la probabilité d'infection d'un troupeau.
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Évaluer les performances diagnostiques de différentes approches pour déterminer le statut d'un troupeau vis-à-vis du BVD.
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Établir les bases et évaluer différentes approches de contrôle du BVD.
Marie-Pascale Morin
Étudiante au PhD
Simon Dufour
Professeur
Jean-Philippe Roy
Professeur
Gilles Fecteau
Professeur
Surveillance de la diarrhée virale bovine
dans les troupeaux laitiers canadiens
ÉQUIPE
Pour ce faire
Objectif
Développer un programme de surveillance et contrôle du BVD pour le bénéfice des bovins, des producteurs laitiers et des consommateurs.
Résultats
Les résultats de la recherche seront essentiels à l’élaboration de meilleurs programmes de prévention de la transmission de la maladie. Les producteurs(rices) laitiers, les médecins vétérinaires et les gouvernements disposeront de nouveaux outils de travail pour la lutte et, dans certains cas, l’éradication d’autres maladies infectieuses.
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Décrire les mesures de biosécurité en place
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Explorer la mise en place des recommandations suggérées par les médecins vétérinaires référents
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Identifier les motivations et difficultés des producteurs pour la mise en place des pratiques de biosécurité.
Vitoria Lima Campêlo
Étudiante au PhD
Simon Dufour
Professeur
Cécile Aenishaenslin
Professeure
Manon Racicot
Professeure
Méthodologie pour évaluer l’adoption des pratiques de biosécurité dans les fermes laitières canadiennes et identification des obstacles à leur mise en œuvre
ÉQUIPE
Pour ce faire
Objectif
Évaluer l’adoption des pratiques de biosécurité et identification des obstacles à leur mise en œuvre dans les fermes laitières canadiennes.
Résultats
Les résultats de la recherche permettront de comprendre les causes et les difficultés auxquelles ils peuvent être confrontés et qui empêchent une meilleure mise en œuvre des pratiques de biosécurité et de proposer des stratégies pour surmonter certaines de ces difficultés et augmenter la biosécurité dans les fermes laitières canadiennes.
Les mesures de biosécurité
Les mesures de biosécurité appliquées en production animale peuvent limiter la transmission et la propagation des maladies infectieuses, apportant une série d’avantages, tels que la réduction de l’utilisation des antibiotiques, une meilleure qualité du lait et le bien-être des animaux.
Malgré les avantages, on ne comprend pas pourquoi l’utilisation des mesures de biosécurité est apparemment faible dans les exploitations laitières au Canada, compte tenu des dangers d’introduction de maladies.
Résultats
Les résultats permettront d’apporter une nouvelle vision sur les pratiques de biosécurité mises en place dans les élevages. Ils permettront d’adopter une approche ciblée dans la lutte contre les maladies selon les différents profils de ferme mis en évidence. Enfin cela permettra d’adopter une démarche préventive envers les élevages considérés comme à risque.
ÉQUIPE
Pour ce faire
Objectif
À partir des profils de biosécurité des fermes laitières canadiennes, de caractériser les fermes laitières et déterminer leurs statuts par rapport aux différentes maladies.
La biosécurité
La biosécurité correspond à l’ensemble des pratiques permettant de limiter l’introduction et la propagation d’agent pathogène dans un élevage.
L’information sur les mesures de biosécurité est principalement collectée à l’aide de questionnaires d’évaluation du risque. Ces questionnaires permettent potentiellement de prédire le statut infectieux du troupeau mais leur analyse est complexe en raison du nombre élevé de variables.
L’apprentissage machine s’avère donc une alternative intéressante pour aborder les données provenant des questionnaires de biosécurité.
Développement et validation de modèles de classification pour déterminer le statut des troupeaux laitiers aux maladies infectieuses hautement prioritaires de l’industrie laitière canadienne
Faustin Farison
Étudiant au PhD
Juan Carlos Arango Sabogal
Professeur
Simon Dufour
Professeur
Pablo Valdes Donoso
Professeur
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Décrire les combinaisons des pratiques de biosécurité qui sont plus fréquemment mises en place dans les fermes à l’aide d’algorithmes de règles d’association
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Classer les troupeaux en fonction de leurs profils de biosécurité
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Développer et valider des algorithmes de classification permettant de prédire le statut des troupeaux vis-à-vis des maladies.
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Réaliser une analyse coût-bénéfice des profils de biosécurité
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Valider un test ELISA (lait de réservoir) pour déterminer la prévalence intra-troupeau de la leucose
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Estimer la prévalence intra-troupeau de la leucose au Canada
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Déterminer l’association entre les pratiques de biosécurité et la prévalence intra-troupeau de la leucose au Québec
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Comparer la prévalence intra-troupeau observée en 2022 avec celle rapportée en 2018 au Québec.
Karol Gilberto Solano Suarez
Étudiant au PhD
Simon Dufour
Professeur
Jean-Philippe Roy
Professeur
Juan Carlos Arango Sabogal
Professeur
Développement d'un programme de surveillance et contrôle de la leucose bovine dans les troupeaux laitiers canadiens
ÉQUIPE
Pour ce faire
Objectif
Développer un programme de surveillance et de contrôle de la leucose bovine au Canada.
Résultats
Les résultats de la recherche permettront de proposer de meilleures pratiques de gestion et de proposer un programme de surveillance et de contrôle de la maladie. Les producteurs laitiers, les médecins vétérinaires et les gouvernements disposeront de nouveaux outils de travail pour lutter contre la leucose bovine et, dans certains cas, l’éradication d’autres maladies infectieuses.
Le virus de la leucémie bovine
VLB
Le VLB affecte la santé et la production des bovins laitiers. Les troupeaux VLB-positifs rencontrent des freins pour le commerce international avec les pays où la maladie est éradiquée. La prévalence de la maladie est directement associée à la biosécurité.
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Estimer la prévalence de MAP et les facteurs de risques associés dans les troupeaux laitiers canadiens.
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Déterminer la performance diagnostique (sensibilité et spécificité) de la culture bactérienne et de la PCR réalisées sur des échantillons environnementaux ainsi que de l’ELISA sur le lait de réservoir pour détecter les troupeaux atteints par MAP.
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Proposer des stratégies pour le dépistage de MAP dans des troupeaux laitiers qui soient performantes, économiquement soutenables, facilement applicables et en accord avec les objectifs des parties prenantes.
William Lelorel Nankam Nguekap
Étudiant au PhD
Juan Carlos Arango Sabogal
Professeur
Jean-Philippe Roy
Professeur
Nathalie Bissonnette
Professeure
Prévalence et évaluation des stratégies de dépistage de Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) dans les troupeaux laitiers canadiens
ÉQUIPE
Pour ce faire
Objectif
Proposer des stratégies performantes avec un bon rapport coût-efficacité et en accord avec les objectifs des parties prenantes (producteurs, vétérinaires, gouvernement) pour le dépistage de MAP dans les troupeaux laitiers.
Résultats
Les résultats de mon projet de recherche permettront la comparaison de la prévalence de MAP au fil du temps et dans la même région; l’estimation et la comparaison de la performance diagnostique des tests dans une même population et qui reflète la population cible; et l’identification des échantillons environnementaux les plus précis et ayant le meilleur rapport coût-efficacité pour le dépistage de MAP. Toutes des lacunes dans les connaissances qui entravent le succès des programmes de prévention et de contrôle de MAP dans le monde et qui ont été identifiées par les experts.
Les parties prenantes auront à leur disposition des stratégies pour la détection des troupeaux atteints par MAP en accord avec leurs objectifs qui pourront être adoptées dans les programmes de prévention et de contrôle de la paratuberculose.
MAP
Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) est l’agent causal de la paratuberculose, une maladie infectieuse, chronique, incurable des ruminants, caractérisée par une entérite granulomateuse.
MAP cause des pertes économiques importantes au sein des troupeaux laitiers et est associée à la maladie de Crohn chez l'humain. Certes, la causalité n’est pas démontrée, cette association inquiète, car MAP a été isolé des produits destinés à la consommation des humains tels que la viande, le lait cru et pasteurisé.
L’évaluation et l’amélioration des mesures de biosécurité visant à prévenir l’introduction et la dissémination de MAP au sein et entre les troupeaux, nécessité des stratégies de dépistage avec de bons rapports coût-efficacité.
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Décrire les variations fines au fil du temps du comptage différentiel des cellules somatiques (CDCS) dans les échantillons de lait individuels provenant de quartiers de vaches, en fonction de leur statut infectieux réel, de leur parité, des jours en lait et de la localisation du quartier.
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Décrire la relation entre le CDCS et la production de lait d’un quartier.
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Identifier les valeurs de référence du CDCS pour les quartiers sains et les quartiers atteints de mammite subclinique.
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Estimer la précision diagnostique du CDCS pour le diagnostic des infections intramammaires chez les vaches laitières, sur des échantillons individuels de quartiers, en utilisant une approche bayésienne.
Mariana Fonseca
Chercheuse postdoctorale
Jean-Philippe Roy
Professeur
Daryna Kurban
Étudiante au PhD
Débora Santschi
Chercheuse
Elousie Molgat
Étudiante à la MSc
Conseillère véetérinaire
Simon Dufour
Professeur
Évaluation de la valeur ajoutée du comptage différentiel des cellules somatiques du lait pour le diagnostic des infections intramammaires chez les vaches laitières.
ÉQUIPE
Pour ce faire
Objectif
Explorer la valeur ajoutée du comptage différentiel des cellules somatiques pour la détection des infections intramammaires.
Résultats
Cette étude devrait fournir des informations précieuses sur la précision diagnostique du comptage différentiel des cellules somatiques (CDCS) pour la gestion des infections intramammaires chez les vaches laitières. En évaluant son association avec des covariables importantes, sa relation avec la production de lait et sa précision diagnostique, le CDCS pourrait servir d'outil pour améliorer la détection de la mammite et la gestion globale de la santé du trayon.
Diagnostic
Des tests diagnostiques précis et fiables sont essentiels pour une gestion efficace de la mammite dans les troupeaux laitiers, car le succès des traitements repose sur une détection rapide et une intervention appropriée.
Le comptage des cellules somatiques (CCS) est largement utilisé comme indicateur clé de la santé mammaire, offrant une mesure générale de l’inflammation dans la glande mammaire. Des niveaux élevés de CCS sont associés aux infections intramammaires, ce qui en fait un outil précieux pour identifier les vaches atteintes de mammite subclinique ou clinique.
Les outils diagnostiques émergents, tels que le comptage différentiel des cellules somatiques (CDCS), pourraient améliorer la précision de la détection de la mammite en fournissant des informations supplémentaires sur la composition des cellules immunitaires.
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Évaluer prévalence actuelle de S. Dublin
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Estimer la précision d'un test anticorps (ELISA) pour déterminer le statut d’un troupeau avec : 1 réservoir, le sang de 10 animaux, des échantillons de l'environnement
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Examiner différentes stratégies diagnostiques (≥2 réservoirs, 20 animaux, combinaison) et estimer leurs coûts
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Ordonner des stratégies et proposer celles optimales grâce à l'outil d'Aide à la Décision multicritères
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Identifier les facteurs de risque pour S. Dublin
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Rechercher la présence de "clusters" géographiques.
Maryse Um
Chercheuse postdoctorale
Simon Dufour
Professeur
André Ravel
Professeur
Validation des stratégies d’échantillonnage du lait de réservoir et étude des facteurs de risques de Salmonella Dublin dans les troupeaux laitiers
ÉQUIPE
Pour ce faire
Objectif
Valider des stratégies d'échantillonnage du lait de réservoir et d'identifier les facteurs de risque de S. Dublin dans les fermes laitières au Québec.
Résultats
Les résultats de la recherche permettront d'orienter les producteurs(rices) laitiers et leurs vétérinaires dans le choix d’un scénario de testage du lait de réservoir et d’autres types d’échantillons/analyses pour prédire le statut de leur troupeau.
De plus, l'industrie disposera de recommandations précises de biosécurité pour prévenir l'introduction dans les troupeaux négatifs et des stratégies de mitigation pour contrôler la prévalence intratroupeau.
Enfin, les gouvernements disposeront de nouveaux outils de lutte contre Salmonella Dublin.
Salmonella Dublin
Salmonella Dublin est une entérobactérie zoonotique apparue chez les bovins laitiers au Québec en 2011. Le sérotype Dublin est adapté aux bovins, ce qui entraîne la présence d'animaux porteurs asymptomatiques qui vont contaminer et entretenir la circulation de la bactérie dans les troupeaux. Le lait de réservoir semble bien pratique pour diagnostiquer la maladie. Cependant, la méthode de diagnostic optimale pour prédire le statut d’un troupeau reste à préciser.
De plus, la biosécurité semble jouer un rôle important dans l'introduction de S. Dublin. Par conséquent, le lien entre les statuts des troupeaux et leurs pratiques de biosécurité doit être investigué.
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Estimer la prévalence, l'incidence et le taux d'élimination des infections intramammaires causées par des pathogènes autres que les Staphylococcus spp.
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Évaluer l'impact de ces infections sur le score des cellules somatiques (SCS), les pertes de lait potentielles associées à ces infections et leur impact sur les composants du lait.
Mariana Fonseca
Chercheuse postdoctorale
Daryna Kurban
Étudainte au PhD
Jean-Philippe Roy
Professeur
Simon Dufour
Professeur
Dynamique des infections pathogènes de la mammite et leur impact sur le score des cellules somatiques, le rendement laitier et les composants du lait
ÉQUIPE
Pour ce faire
Objectif
Évaluer l'impact des infections intramammaires causées par des pathogènes autres que les Staphylococcus spp. sur le score des cellules somatiques, le rendement laitier et les composants du lait chez les vaches laitières.
Résultats
Les résultats de cette recherche peuvent fournir des informations précieuses pour identifier les principaux pathogènes préoccupants, en aidant les éleveurs et les vétérinaires à se concentrer sur ces pathogènes pour améliorer la santé des trayons et optimiser les pratiques de gestion dans les fermes laitières.
Mammite
La mammite est une maladie courante et coûteuse dans les troupeaux laitiers, causée par divers pathogènes qui compromettent la santé des glandes mammaires et affectent la production de lait.
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Classer S. aureus en infections persistantes ou transitoires selon la définition de cas suivante : un quartier devait présenter au moins cinq échantillons positifs pour S. aureus pendant la période de collecte pour être classé comme ayant une infection persistante. En revanche, une infection de courte durée était définie par une série de deux échantillons négatifs suivis d'un échantillon positif, puis de deux échantillons négatifs supplémentaires.
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Appliquer l'apprentissage automatique pour prédire les infections persistantes en utilisant les spectres MALDI.
Mariana Fonseca
Chercheuse postdoctorale
Simon Dufour
Professeur
Jean-Philippe Roy
Professeur
Françaois Malouin
Professeur
Identification des infections persistantes à Staphylococcus aureus à l'aide de la spectrométrie de masse MALDI-TOF et de l'apprentissage automatique
ÉQUIPE
Pour ce faire
Objectif
Ce projet vise à utiliser la spectrométrie de masse MALDI-TOF combinée à l'apprentissage automatique pour prédire si un isolat de S. aureus entraînera une infection persistante.
Résultats
Cette recherche pourrait fournir une méthode efficace pour identifier les infections persistantes à S. aureus chez les vaches laitières. En distinguant les infections persistantes des infections transitoires, les éleveurs et les vétérinaires pourraient prendre des décisions plus éclairées concernant les stratégies de traitement et de gestion. Cela pourrait améliorer la santé des trayons et, en fin de compte, réduire l'utilisation d'antibiotiques.
Mammite
Les infections persistantes causées par Staphylococcus aureus représentent un défi important dans les troupeaux laitiers, car elles sont difficiles à traiter et peuvent entraîner une mammite chronique. Les méthodes diagnostiques traditionnelles ne permettent pas de distinguer les isolats qui provoqueront des infections transitoires de ceux qui entraîneront des infections persistantes.